Untuk mengatasi berbagai kendala yang dihadapi RS, khususnya terkait sistem keuangan ICW, Departemen Kesehatan mengarahkan pcngelolaan RS pemerintah selaku Unit Pelaksana Teknisnya, menjadi Unit Swadana. Pada status sebagai Unit Swadana, pcriodo 1992-1993, dimungkinkan bagi pengelola rumah sakit untuk menggali berbagai potensi pendapatan disertai fleksibilitas pengelolaannya, sehingga RSHS mulai mengembangkan Kerja Sama Operasional (KSO) dalam pelayanan obat.
Dengan terbitnya Undang-undang No 20 tahun 1997, pada tahun 1998 status RSHS menjadi unit Pengguna Pendapatan Negara Bukan Pajak (PNBP), seluruh pendapatan RS harus disetorkan ke negara dalam waktu 24 jam. Kondisi tersebut dirasakan sangat menghambat kelancaran operasional, antara lain tersendatnya penyediaan reagensia laboratorium yang diperparah dengan naiknya kurs dollar Amerika secara tajam, sehingga menyebabkan pelayanan Laboratorium Patologi Klinik hampir kolaps. Salah satu jalan keluar untuk mengatasinya adalah dengan mengembangkan KSO laboratonum pada tahun 1998.
Pada periode selanjutnya, keterbatasan pemerintah dalam pembiayaan pelayanan rumah sakit yang semakin menurun, sedangkan rumah sakit dituntut untuk meningkatkan mutu pelayanannya, pemerintah mengubah paradigmanya lebih berperan sebagai katalis dengan melepaskan bidang-bidang yang dapat dikerjakan oleh rumah sakit (steering rather than rowing). Untuk itu dikeluarkanlah Peraturan Pemerintah Nomor .119/2000 yang menetapkan RSHS sebagai Perusahaan Jawatan (Perjan). Dengan otonomi dan flekslbilitas yang lebih luas dalam pengelalaan rumah sakit, kinerja RSHS dirasakan semakin membaik. Status Perjan rumah sakit terkendala dengan perundang-undangan yang baru, sehingga sejak tahun 2005 RSHS bersama 12 rumah sakit lainnya, berubah statui menjadi unit yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum (PPK-BLU).